PLA2G6 gene sigle angl. pour phospholipase group VI
Gène localisé en 22q13.1, qui code pour l’enzyme A2 phospholipase qui agit sur le métabolisme des phospholipides et dont le rôle dans le maintien de l’intégrité des membrane cellulaires est important.
Les mutations de ce gène sont à l’origine de la dystrophie neuro-axonale infantile de Seitelberger et de dystrophie neuroaxonale infantile tardive Bernheimer-Seitelberger.
Syn. CaI-PLA2, calcium-independent phospholipase A2, cytosolic, calcium-independent phospholipase A2, GVI, INAD1, iPLA2, NBIA2, OTTHUMP00000028877, PA2G6_HUMAN, PARK14, patatin-like phospholipase domain containing 9, phospholipase A2, group VI, LA2, PNPLA9
→ Seitelberger (dystrophie neuroaxonale de), Bernheimer-Seitelberger (maladie de)
plasmide n.m.
plasmid
Fragment d’ADN circulaire double brin (en dehors de la réplication), distinct du chromosome et capable de réplication autonome.
Certains plasmides contiennent un gène de transfert qui les rend aptes à passer d’une cellule bactérienne à l’autre par conjugaison (plasmides conjugatifs). Les plasmides sont répliqués par des enzymes de la bactérie parfois en un seul exemplaire par bactérie, parfois en de multiples exemplaires. Des plasmides artificiels sont biosynthétisés pour permettre l’insertion de gènes à partir de plasmides recombinés et de polynucléotides biosynthétiques présentant des sites de restriction bien disposés, appelés lieurs multisites(« polylinker »). Parmi les plus utilisés en biologie moléculaire, on connaît le plasmide pBR322 qui possède deux gènes de résistance l’un à l’ampicilline, l’autre à la tétracycline et les pUC18 ou 19 (plasmid of University of California) dans lesquels se trouvent un fragment d’opéron lac, un gène de résistance à l’ampicilline et un lieur multisite ayant les mêmes 13 sites de restriction que le phage M13.
[D1,Q1]
Édit. 2018
plasminogène n.m.
plasminogen
Zymogène inactif de la plasmine, de synthèse essentiellement hépatique, il est présent dans le sang, les espaces extracellulaires où il se fixe à la matrice extracellulaire et à la surface des cellules.
Son gène est localisé sur le chromosome 6 à côté du gène de l'apolipoprotéine (a) protéine avec laquelle il est structurellement très proche. C'est une chaine polypeptidique monocaténaire de 791 aa, de masse moléculaire 92 kDa. De rares anomalies moléculaires congénitales quantitatives ou qualitatives ont été décrites. Elles majoreraient le risque thrombogène veineux. Des récepteurs au plasminogène ont été décrits sur de nombreuses cellules (cellules endothé
PMI gene sigle pour phosphomannose isomerase 1
Gène localisé en 15q24.1 codant pour la phosphomannose isomérase qui convertit le mannose-6-phosphate en fructose-6-phosphate permettant l’utilisation du mannose comme source de carbone.
La mutation de ce gène est à l’origine du désordre congénital de la glycosylation type 1 altérant la synthèse des glycoprotéines.
→ désordre congénital de la glycosylation type 1
podocine n.f.
podocin
Protéine transmembranaire de 383 acides aminés codée par le gène NHPS2 situé sur le chromosome 1 et exprimée quasi-exclusivement dans les cellules épithéliales du glomérule ou podocytes à la jonction des diaphragmes de fente, d’où son nom de podocine.
La podocine appartient à la famille des stomatines. Elle est indispensable au bon fonctionnement de la barrière glomérulaire. Avec la néphrine, elle servirait de lien entre la membrane et le cytosquelette des podocytes. Les mutations du gène NHPS2 sont à l’origine d’une variété de syndrome congénital de l’enfant à transmission autosomique récessive qui débute avant l’âge de trois ans et évolue vers l’insuffisance rénale terminale. La maladie résiste à la corticothérapie et aux traitements immunosuppresseurs , le seul traitement étant la transplantation rénale.
polyarthrite rhumatoïde (critères diagnostiques) l.f.
Maladie inflammatoire chronique affectant les articulations munies d'une cavité synoviale et s'accompagnant de localisations extra articulaires, telles une vascularite et des nodosités.
Le diagnostic d’une polyarthrite rhumatoïde (PR) débutante avec des radiographies normales et en l’absence de diagnostic d’une autre maladie est selon les critères ACR/EULAR de 2009 :
1) le type d’atteinte articulaire :
- une articulation moyenne ou grosse : 0,
-deux à dix articulations moyennes ou grosses : 1,
-une à trois petites articulations : 2,
-quatre à dix petites articulations : 3
-plus de dix articulations (au moins une petite articulation) : 5 ;
2) sérologie :
-ni facteur rhumatoïde ni anticorps antiprotéine citrullinée (ACPA) : 0,
-au moins un test faiblement positif. 2,
-au moins un test fortement positif : 3;
3) durée de la synovite :
- moins de 6 semaines : 0,
- plus de 6 semaines : 1 ;
3) marqueurs de l’inflammation :
- ni protéine C-réactive (CRP), ni VS élevée : 0,
- CRP ou VS élevée : 1.
Ainsi le diagnostic de polyarthrite est posé si le score est supérieur ou égal à 6.
De plus en plus, le diagnostic de polyarthrite débutante repose sur l’échographie qui tend à remplacer définitivement les données radiographiques qui seront toujours trop en retard.
Un mécanisme auto-immun est probablement en cause avec la présence simultanée des allèles HLA DR1 et DR4 (chez 93% des individus). Des mutations génétiques sont impliquées dans le déterminisme de la PR. Une mutation du gène PTPN22 (qui code une tyrosine phosphatase) double le risque de développer la maladie qui est aussi alors parfois plus grave.
Une mutation du gène TRAF1–C5 du chromosome 9 est aussi corrélée avec une forme aggravée de PR (avec présence d'anticorps anti-CCP : cyclic citrullinated peptide).
Les données nouvelles de la polyarthrite rhumatoïde, les succès des biothérapies ont fait reculer les indications chirurgicales (préservation de la fonction articulaire, ou si les déformations articulaires sont trop importantes).
Étym. gr. polus : nombreux ; arthron: articulation : rheuma : fluxion ; eidos : apparence
Sigle PR
→ polyarthrite rhumatoïde (clinique de la), pannus, protéine C-réactive, sérologie rhumatoïde, séropositif, polyarthrite rhumatoïde (manifestations extra-articulaires), HLA, auto-anticorps anti-citrullinés, facteur rhumatoïde, synovite, PTPN22
[I1]
Édit. 2017
polycystine 2 n.f.
polycystin 2
Protéine de 968 acides aminés ancrée à la membrane cellulaire des cellules épithéliales tubulaires du néphron et présente, en particulier, dans les cils primaires du pôle apical.
La polycystine2 est codée par le gène PKD2 situé dans le chromosome 4 dont les mutations sont à l’origine de polykystoses rénales à transmission autosomique dominante à une moindre fréquence que celles du gène PKD1 codant pour la polycystine1. Elle a environ 25% d’homologie avec cette dernière, essentiellement dans le domaine transmembranaire. En revanche, sa structure est proche de celle des canaux calciques TRP (transient receptor potential), ce qui la fait considérer comme un canal calcique. Cette propriété explique le rôle du complexe des polycystines 1 et 2 dans l’influx calcique survenant en réponse au flux urinaire dans le tubule. Les phénotypes cliniques des mutations de PKD1 et de PKD2 sont très voisins. Cependant les polykystoses relatives aux secondes ont un meilleur pronostic et se révèlent à un âge plus tardif.
→ polykystose à transmission autosomique dominante, polycystine 2, ciliopathie, PKD1 gene
polypose adénomateuse familiale l.f.
familial adenomatous polyposis, polyposis coli, adenomatosis coli
Affection se révélant par une diarrhée au long cours, habituellement dès la seconde décennie, héréditaire, transmise suivant le mode autosomique dominant, liée à une mutation d’un gène suppresseur de tumeur situé sur le chromosome 5.
Le pronostic est dominé par l’apparition inéluctable de cancer colique chez les sujets non traités.
L’examen macroscopique d’une pièce de colectomie révèle la présence de très nombreux polypes ; on admet que le nombre de 100 polypes constitue la frontière entre adénomes ultiples en dessous de ce nombre, et polypose familiale au-dessus, parfois jusqu'à 1000, offrant alors l’aspect classique de "tapis de haute laine". Les plus petits de ces polypes sont sessiles ; les plus volumineux sont pédiculés. Leur étude histologique montre qu’il s’agit d’adénomes tubuleux plus ou moins dédifférenciés, où il faut rechercher soigneusement des zones de cancérisation, uniques ou multiples, in situ ou invasives.
La polypose adénomateuse familiale présente une forme atténuée où les polypes sont moins nombreux, plus petits et apparaissent plus tard. Le risque de cancer reste très important.
Elle peut être associée à des lésions extracoliques variées constituant le syndrome de Gardner : ostéomes multiples du crâne et de la mandibule, kystes multiples et tumeurs conjonctives sous-cutanées, tumeurs desmoïdes abdominales, fibrose diffuse du mésentère et du rétropéritoine, etc.
Le gène responsable, APC (Adenomatous Polyposis Coli) situé en 5q21-q22 code pour une protéine suppresseur de tumeur ; la pénétrance est complète, l’expression variable.
Les syndromes de Turcot et la polypose associée à MUTYH sont très voisins cliniquement de la polypose adénomateuse familiale mais dus à des mutations de gènes intervenant dans la réparation de l’ADN avec les mêmes risques de prolifération cellulaire.
Syn. polypose rectocolique familiale, polypose intestinale héréditaire
Sigle : PAF
→ Gardner (syndrome de), Turcot (syndrome de), polypose associée à MUTYH
POMGNT1 gene s igle angl. pour protein O-linked mannose N-acetylglucosaminyltransferase 1 (beta 1,2-)
Gène localisé en 1p34.1codant une protéine transmembranaire de l’appareil de Golgi (de type II) qui participe à la o-glycosylation du mannose.
Les mutations de ce gène sont à l’origine du syndrome muscle-œil-cerveau, de la rétinite pigmentaire 76, de dystrophies musculaires des ceintures.
Syn. GNTI.2, LGMD2O, MEB, MGAT1.2, RP76
→ syndrome muscle-œil-cerveau, rétinite pigmentaire, dystrophies musculaires des ceintures,O-glycolation
POMT1 gene sigle angl. pour protein O-mannosyltransferase 1
Gène localisé en 9q34.13 qui code pour une partie du complexe enzymatique O-mannosyltransferase (POMT) présent dans différents tissus et particulièrement dans les muscles squelettiques, le cerveau fœtal et les testicules.
Le rôle du complexe est la glycosylation, processus d’adjonction du mannose à l’alpha-dystroglycane dont la fonction est la stabilisation des fibres musculaires, la migrationdes neurones durant la vie fœtale.
Les mutations de ce gène sont à l’origine des dystrophies musculaires des ceintures, du syndrome de Walker-Warburg, du syndrome muscle-œil-cerveau.
Syn. dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase, LGMD2K, MDDGA1, MDDGB1, MDDGC1, POMT1_HUMAN, protein O-mannosyl-transferase 1, RT
→ dystrophies musculaires des ceintures, Walker-Warburg (syndrome de), du syndrome muscle-œil-cerveau, protein O-mannosyl-transferases
progérine n.f.
progerin
Protéine anormale provenant d’une mutation du gène LMNA (chromosome 1) codant pour la lamine, protéine tapissant normalement la face interne de la membrane nucleaire (la lamina nucléaire) et constituant de la structure du noyau, responsable de la progeria d’Hutchinson-Gilford.
Normalement la prélamine A, codée par le gène LMNA, se fixe sur la membrane nucléaire. La mutation entraîne la substitution d’un nucléotide de cytosine par une thymine (en position 1824). Il s’ensuit au cours de l’épissage des exons (avec suppression des introns) la perte pour la protéine pré-lamine d’une cinquantaine d’acides aminés ; la prélamine ainsi amputée prend le nom de progérine. Celle-ci ne peut subir les modifications post traductionnelles induites normalement par une métalloprotéase à zinc dont la séquence cible se trouve dans la partie éliminée. La progérine reste fixée à la membrane, remplace la lamine et ne peut participer à la structure et au métabolisme intranucléaire normalement exercés par la lamine.
Une progérine intervient également dans la réduction des télomères des chromosomes, témoin du vieillissement des cellules. Sa présence a été constatée dans les cellules sénescentes à télomères courts.
J. Hutchinson, Sir, chirurgien et anatomopathologiste britannique (1886) ; H. Gilford, chirurgien britannique (1897)
Étym. d’après progeria : gr. pro : avant ; gerôn : vieillard
→ progeria d'Hutchinson-Gilford, laminopathie, lamine
progranuline n.f.
progranulin
Glycoprotéine exprimée dans un grand nombre de tissus, en particulier les neurones du cortex cérébral, de l’hippocampe et du cervelet, ayant une activité de facteur de croissance multifonctionnel.
La progranuline est codée par le gène PRG, localisé sur le chromosome 17q21. Elle paraît jouer un rôle important dans le développement, en particulier dans la maturation des neurones, la cicatrisation et l’inflammation. Des mutations du gène PRG sont impliquées dans les démences fronto-temporales.
→ dégénérescences fronto-temporales
proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 l.f.
proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
Neuvième composant de la classe des proprotéines convertases, dont le rôle est de cliver, dans le foie le LDL (Low Density Lipoprotein) (RLDL) et d'induire ainsi leur dégradation.
La PCSK9 est une proprotéine convertase exprimée essentiellement dans le foie, l'intestin et les reins qui s'autoclive dans le réticulum endoplasmique avant d'être sécrétée. Elle agit comme une protéine chaperon en se liant au RLDL et en empêchant ainsi son recyclage à la membrane hépatique. Plus les concentrations plasmatiques de PCSK9 sont élevées, moins l'hépatocyte présente de RLDL à sa surface et plus la cholestérolémie augmente. Ainsi, il est logique d'inhiber PCSK9 pour diminuer la cholestérolémie.
L'enzyme est codée par un gène de même nom situé sur le chromosome 1. Des mutations de ce gène représentent une cause d'hypercholestérolémie familiale autosomique dominante moins fréquente que celles de RLD et de son ligand, Apo-B100. D'autres mutations sont responsables d'une hypocholestérolémie et diminuent le risque vasculaire.
Des médicaments bloquant la PSCK9 ont été proposés pour le traitement deshypercholestérolémies. Ce sont des anticorpsmonoclonaux (allirocumab, evolocumab) qui ciblent la protéine circulante et des oligonucléotides du type microARN qui dégradent l'ARNm de PCSK9, et donc diminuent la synthèse protéique.
Sigle PCSK9
→ apoprotéine, microARN, proprotéine convertase, LDL, réticulum endoplasmique, protéine chaperon, cholestérol
[C1, C3]
Édit. 2019
protéine 1 et 2 liées au rétinoblastome l.f.
retinoblastoma binding protein-1 and protein-2
Deux protéines liées au gène du rétinoblastome, isolées à partir d'une protéine virale, transformant le papillovirus-16 humain, et liées étroitement sur la séquence ADN du gène du rétinoblastome (protéine virale homologue ou similaire).
Deux cDNAs ont été isolés qui codent les protéines de liaison au rétinoblastome RBBP1 et RBBP2 (MIM 180201, MIM 180202).
Deborah Defeo-Jones, biochimiste américaine (1991)
proto-oncogène n.m.
protooncogen
Gène susceptible d'être transformé en oncogène.
La plupart des oncogènes ayant été caractérisés sur des rétrovirus, la dénomination des proto-oncogènes rappelle le nom du virus correspondant : par ex. src (sarcome de Rous du Poulet) donne son nom à l'oncogène viral v-src et au proto-oncogène cellulaire animal c-src ; c-myc correspond à un oncogène du virus de la myélocytomatose aviaire ; c-fos à un oncogène du virus de l'ostéosarcome FBJ de la Souris ; c-erb à un virus de l'érythroblastose aviaire, etc.
La protéine dont la synthèse dépend d'un proto-oncogène est très souvent un récepteur membranaire de facteur de croissance : ainsi la protéine c-erb B1 est identifiée au récepteur du facteur de croissance de l'épiderme (EGF) ; l'activité tyrosine-kinase de ce récepteur est régulable, alors que celle de la protéine v-erb B1 dépendant de l'oncogène est permanente.
Certaines protéines sont apparentées aux protéines de transduction : c'est le cas pour le proto-oncogène ras, la protéine ras (de masse 21 kDa), dénommée p21, apparentée aux protéines G, est ancrée sur la face interne de la membrane plasmique grâce à un radical palmitoyle et à un radical farnésyle attachés à la protéine ; la protéine correspondant à l'oncogène ras n'en diffère que par une simple mutation portant sur une glycine remplacée par une valine. La transformation d'un proto-oncogène en oncogène peut donc être une simple mutation ponctuelle ou une délétion. Mais dans d'autres cas il peut s'agir de la translocation du gène d'une zone inactive à une zone où il est transcrit (cas du lymphome de Burkitt), ou bien de la formation d'un hybride (cas de la leucémie myéloïde chronique).
Étym. gr. prôtos : premier ; oncogène
Syn. thrombopoietin receptor, myeloproliferative leukemia virus oncogene
pseudogène n.m.
pseudogene
Gène inactif, ayant une structure homologue à celle d'un autre gène, qui ne peut être traduit en une protéine fonctionnelle, par suite d'une lésion moléculaire comme une substitution, une délétion, une insertion, par ex..
Certains gènes ancestraux peuvent avoir subi des mutations au cours des âges, laissant dans le génome une séquence inactive ; cela se trouve surtout pour les gènes qui, par duplication, sont en nombre excédentaire pour la synthèse d'une protéine donnée. Ce peut être aussi le cas de gènes qui ont été insérés dans le génome par rétrotranscription d'un RNA., puis inactivés. On a identifié un très grand nombre de pseudogènes homologues de gènes intervenant dans le système immunitaire (gènes de chaines lourdes et légères des immunoglobulines, gènes des TCR etc.). Certains gènes VH ou D ont été localisés hors du chromosome 14.
PSTA1 gene sigle angl. pour phosphoserine aminotransferase 1
Gène, situé sur le locus chromosomique 9q21.2, codant pour une phosphosérine aminotransférase.
Une diminution de son expression est associée avec la schizophrénie et des mutations de ce gène entraînent un déficit en phosphosérine aminotransférase et le syndrome de Neu-Laxová
Syn. EPIP, NLS2, PSA, PSAT, PSATD
→ Neu-Laxová (syndrome de), phosphosérine aminotransférase (déficit en)
PTCH1 gene sigle angl ; pour patched 1
Gène situé sur le locus chromosomique 9q22.3, codant pour une protéine réceptrice qui joue le rôle de ligand avec d’autres protéines.
Ensemble le ligand et leur récepteur donnent des signaux qui interviennent dans le développement et la fonction des cellules.
Des mutations de ce gène entraînent le syndrome de Gorlin ou la naevomatose basocellulaire multiple.
→ nævomatose basocellulaire de Gorlin,
PTPN22 gene sigle angl. pour protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 22
Gène localisé en 1p13.2 qui détermine la formation de la tyrosine phosphatase 22.
La tyrosine phosphatase 22 participe au contrôle des cellules T du système immunitaire qui identifient les substances étrangères et défendent l’organisme contre les infections.
Les mutations de ce gène participent à la constitution de nombreuses afffections : maladie d’Addison auto-immune, maladie de Basedow, myopathie inflammatoire idiopathique, arthrites juvénilse idiopathiques, polyarthrite rhumatoïde, lupus érythémateux disséminé, sclérodermie, diabète de type 1, vitiligo.
Syn. hematopoietic cell protein-tyrosine phosphatase 70Z-PEP, lymphoid phosphatase, lymphoid-specific protein tyrosine phosphatase, LYP, LYP1, LYP2, PEP, PEST-domain phosphatase, protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 8, protein tyrosine phosphatase,
→ Addison (maladie d'), Basedow (maladie de), myopathie, arthrites juvéniles idiopathiques, polyarthrite rhumatoïde, lupus érythémateux disséminé, sclérodermie, diabète de type 1, vitiligo, tyrosine phospatases
[I1,C3]
Édit. 2017
PTS gene sigle angl. pour 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase
Gène situé sur le locus chromosomique 11q23.1 codant pour l’enzyme 6 pyruvoyl-tetrahydro-ptérine qui est active dans la deuxième étape de la production de la tétrahydrobioptérine (BH4) ; celle-ci joue un rôle essentiel de cofacteur pour le fonctionnement de l’enzyme phénylalanine hydroxylase qui convertit la phénylalanine en tyrosine.
Elle est impliquée également dans de nombreuses autres réactions de conversion entre acides aminés et dans la synthèse de neurotransmetteurs (dopamine, noradrénaline et sérotonine).
Plus de 45 mutations de ce gène sont ont été répertoriées chez les patients souffrant de déficit en tétrahydrobioptérine.
Syn. 6-pyruvoyl-H4-pterin synthase, 6-pyruvoyl-tetrahydropterin synthase, PTP synthase, PTPS, PTPS_HUMAN, sepiapterin synthase A, sepiapterin synthesizing enzyme 1.
→ déficit en tétrahydrobioptérine
QDPR gene sigle angl. pour quinoid dihydropteridine reductase
Gène situé sur le locus chromosomique 4p15.32, codant pour l’enzyme appelée quinoïde-dihydroptéridine- réductase qui participe au recyclage de la tétrahydrobioptérine (BH4) ; celle-ci joue un rôle essentiel de cofacteur pour le fonctionnement de l’enzyme phénylalanine hydroxylase qui convertit la phénylalanine en tyrosine.
Elle est impliquée également dans de nombreuses autres réactions de conversion entre acides aminés et dans la synthèse de neurotransmetteurs (dopamine, noradrénaline et sérotonine).
Plus de 30 variétés de mutations de ce gène sont répertoriées chez les patients souffrant de déficit en tétrahydrobioptérine
Syn. DHPR, DHPR_HUMAN, Dihydropteridine reductase, PKU2, SDR33C1
→ déficit en tétrahydrobioptérine
RAB18 gene sigle angl. pour RA8, member RAS oncogene family
Gène situé sur le locus chromosomique 10p12.1 codant pour un membre de la famille des petites GTPases associées à RAS qui régulent le trafic membrannaire dans les organelles et les vésicules de transport.
Des mutations de ce gène provoquent le syndrome Micro (Warburg Micro syndrome 3)
Syn. RAB18LI1, WARBM3
RAB3GAP1gene sigle angl. pour RA GTPase activating protein catalytic subunit 1
Gène situé sur le locus chromosomique 2q21.3 codant pour la sous-unité catalytique de la protéine activant RAB GTPase.
Cette protéine forme un hétérodimère avec la sous-unité non-catalytique pour réguler spécifiquement l’activité des membres de la sous-famille Rab3 des petites protéines G. Elle est impliquée dans la régulation de l'exocytose de certains neurotransmetteurs et hormones.
Des mutations de ce gène sont responsables du syndrome Micro
Syn. P130, RAB3GAP, RAB3GAP130, WARBM1
RAB3GAP2 gene sigle angl. pour RA GTPase activating protein catalytic subunit 2
Gène situé sur le locus chromosomique 1q41 codant pour une famille de protéine RAB3 qui est impliquée dans la régulation de l'exocytose de certains neurotransmetteurs et hormones.
Des mutations de ce gène sont à l’origine du syndrome Micro et du syndrome de Martsolf
Syn. p150, RAB3-GAP150, RAB3GAP150, SPG69, WARBM2
→ syndrome Micro, syndrome de Martsolf
rapsyne n.f.
rapsyne
Protéine du cytosquelette musculaire intervenant dans la membrane post synaptique pour stabiliser les récepteurs de l’acétylcholine (RACh).
L’organisation des RACh synaptiques nécessite la phosphorylation de la rapsyne par l’intermédiaire de la protéine MuSK (muscle specific kinase). Le gène de la rapsyne est situé sur le chromosome 11 en 11p11.2. Il existe de très nombreuses mutations du gène ; elles peuvent provoquer une altération de la transmission neuromusculaire, par exemple dans certaines myasthénies congénitales.