ADP-ribosylation n.f.
ADP ribosylation
Fixation sur une protéine d'un groupe ADP-ribosyle.
Le transfert, catalysé par une ADP-ribosyl-transférase, a pour donneur le NAD et pour accepteur un reste d'amino-acide de la protéine.
Cette réaction a été découverte dans les noyaux cellulaires et dans l'activité des toxines de certaines bactéries (toxine du choléra, de la diphtérie ou de colibacilles). L'amino-acide accepteur est souvent l'arginine, ou bien aussi l'acide glutamique dans les histones ; il peut encore être le diphtamide dans le facteur d'élongation EF-2 des ribosomes. Un analogue du NAD, le désoxy-NAD, inhibe cette réaction et freine le développement cellulaire des tumeurs. Les histones subissent une poly-ADP-ribosylation, où les radicaux ADP-ribosyle sont liés les uns aux autres par une liaison ribosyle sur le C2 du ribose de l'ADP précédent. La poly-ADP-ribosylation concerne essentiellement les histones H1 et H2B dans la chromatine des noyaux cellulaires ; le poly-ADP-ribose se fixe sur les gamma-carboxyles de restes glutamiques.
[C1,C3]
Édit. 2017
alpha-transducine-1 polypeptide l.f.
alpha-transducin-1 polypeptide
Protéine liée au nucléotide guanine spécifique des bâtonnets qui forme une sous-unité de la transducine.
La transducine est une variété de G-protéine, qui joue un rôle important dans la transduction visuelle. Elle est associée à la rhodopsine et met en rapport rhodopsine et phosphodiestérase (PDE). Lorsque la rhodopsine est activée par un photon, elle active à son tour la sous-unité alpha de la transducine, cette dernière lève l'inhibition de la phosphodiestérase qui à son tour hydrolyse les molécules de GMPc (GMP cyclique) en 5'-GMP (GMP inactif) et la diminution en GMPc provoque alors la fermeture des canaux Na+ de la membrane du segment externe : ce qui est à l'origine de l'hyperpolarisation qui donne naissance à l'ERG. Les sous-unités alpha de la transducine sont différentes pour les cônes et les bâtonnets et codées par des gènes différents, GNAT1 pour les bâtonnets et GNAT2 pour les cônes. La GNAT1 a son locus en 3p21 (MIM 139330).
R. S. Sparkes, médecin américain (1986) ; Cila Blatt, généticienne israélienne (1988)
Sigle GNAT1 (guanine nucleotide-binding protein, alpha-transducine)
[C1,C2,C3,P2,Q1]
Édit. 2017
amyloïde adj.
amyloid
1) Qui ressemble à l'amidon.
2) Qualifie une substance protéinique anormale, qui se dépose sous forme fibrillaire entre les cellules de certains tissus ou organes, tels que ganglions, rate, foie, cerveau, en provoquant des lésions dégénératives (amyloïdose), caractéristiques du vieillissement.
La substance amyloïde est formée de peptides issus de l'hydrolyse de protéines précurseurs telles que l'APP (amyloid precursor protein). La protéine SAA (serum amyloid associated), encore appelée apolipoprotéine S (apoS), dont la concentration plasmatique augmente au cours du vieillissement et de certaines affections inflammatoires et cancéreuses, est à l'origine de dépôts amyloïdes dans les reins, le foie ou les surrénales. La protéine b-SA (sérum-amyloïde) est parfois associée à l'allélomorphe de l'apolipoprotéine E (plaques séniles). Le peptide amyloïde Ab qui se dépose dans le cerveau au cours de la maladie d'Alzheimer a une masse moléculaire de 4 kDa, 39 à 43 acides aminés et une structure b-plissée. Deux formes d'Ab ont été décrites : l'Ab40, dite « soluble » est présente dans le liquide céphalorachidien ; l'Ab42 précipite sous forme amyloïde dans le système nerveux et les vaisseaux.
La substance amyloïde prend les colorants de l’amidon, ce qui explique le nom, elle est biréfringente en lumière polarisée spontanément et après action du rouge Congo.
Étym. gr. amulon : amidon
[A3,C1,C3,H1,N3]
Édit. 2017
amyloid precursor protein l. angl.
Précurseur de la protéine amyloïde.
L’amyloid precursor protein est une protéine transmembranaire fortement exprimée par les neurones.
Son domaine extracellulaire est normalement clivé successivement par des protéases appelées alpha-secrétase et gamma-secrétase. Son clivage par la seule gamma-secrétase donne naissance au peptide amyloïde A-bêta qui forme des dépôts dans le tissu cérébral, provoquant la maladie d’Alzheimer.
Sigle APP
→ Alzheimer (maladie de), protéine amyloïde, alpha-secrétase, gamma-secrétase
[H1]
Édit. 2018
anticoagulant adj. et n.m.
anticoagulant
Facteur naturel ou substance pharmacologique qui s'oppose à l'initiation ou au développement de la coagulation.
Les principaux anticoagulants naturels sont l'inhibiteur de la voie du facteur tissulaire, l'antithrombine III, la protéine C et la protéine S. Les principaux anticoagulants pharmacologiques sont les anti-vitamines K et les héparines. Récemment ont été développés des inhibiteurs directs des principaux facteurs de la coagulation, comme l'hirudine, inhibiteur direct et spécifique de la thrombine, et les inhibiteurs directs du facteur X activé.
→ héparine, anti-vitamines K, hirudine, anticoagulant (médicament)
AP-1 sigle angl. pour :
1) Activator Protein-1.
Protéine formée de deux sous-unités appartenant aux familles Jun et Fos (ou ATF), dimérisée par une fermeture-éclair à leucine.
Le terme AP-1 couvre un ensemble de facteurs de transcription inductibles homodimériques ou hétérodimériques, induits par divers stimulus (stress oxydant, cytokine, etc.).
AP-1 est un facteur de transcription provoquant l'expression de nombreux gènes de la réaction inflammatoire. Les corticostéroïdes liés aux récepteurs des glycocorticoïdes sont des antagonistes de cet effet transactivateur.
2) le premier des quatre Adaptor Protein complex AP-1, AP-2, AP-3, AP-4.
Protéine transmembranaire formée de quatre sous-unités qui sont associées avec les organites subcellulaires dans les cellules avec des voies d'endocytose ou de sécrétion.
AP-2 appartient à la membrane plasmique et participe à l'internalisation rapide des récepteurs d'endocytose.
AP-1, AP-3 et AP-4 sont associées aux membranes des vésicules transgolgiennes et des endosomes et jouent un rôle dans les mécanismes de sécrétion en liant à la membrane les protéines cargo qui transportent les produits de sécrétion.
Apaf acronyme angl. m. pour Apoptotic Protease-Activating Factor
Facteur cellulaire qui joue un rôle dans l’activation de caspases responsables de l’apoptose.
L’Apaf-1 réagit avec le cytochrome c entraînant son oligomérisation, permettant le recrutement de plusieurs caspases D dans l’apoptosome. L’Apaf-1 est normalement fixé sur la protéine antiapoptotique Bcl-2, dont l’implantation dans la membrane mitochondriale s’oppose à la sortie du cytochrome c, et qui cède sa place à la protéine pro-apoptotique Bax, entraînant la perméabilisation du cyt. c.
apolipoprotéine B (B 100) n.f.
apolipoprotein B (B 100)
Protéine de liaison des lipides circulant dans le sang des vertébrés, composant principal des lipoprotéines de basse et de très basse densité (LDL et VLDL).
C'est une protéine de masse moléculaire 550 kDa (4 536 acides aminés), complètement insoluble à l'état délipidé. Elle est sécrétée par le foie et l'intestin. Elle est appelée apo-B, mais pour la distinguer de formes mineures de dimensions partielles, elle peut être appelée apo-B100. La concentration plasmatique de l'apo-B100 est normalement de 0,9 g/L.
Le dosage de l’apo-B (ou apo-B100) s’effectue par immuno-néphélémètrie. Il est indiqué lorsque la concentration en triglycérides sériques est supérieure à 3,9 mmol/L (3 ,4 g/L) car, dans ce cas, le calcul du cholestérol-LDL par la formule de Friedewald est inexact. Il peut être également prescrit dans certaines dyslipémies complexes.
Abrév. Apo-B
apoprotéine n.f.
apoprotein
Partie de la molécule d'une protéine composée exclusivement d'acides aminés et se distinguant des cofacteurs non protéiniques nécessaires à l'activité de cette protéine et liés aux acides aminés par des liaisons plus ou moins fortes, par ex. apoenzymes, apoferritine, globine, opsine, etc.
arrestine n.f.
arrestin
Protéine membranaire associée aux récepteurs lorsqu'ils sont phosphorylés et qui joue un rôle dans la transmission d'un signal en empêchant une protéine G de se réactiver.
Par ex., on connaît les bêta-arrestines des récepteurs bêta-adrénergiques et les arrestines rétiniennes des récepteurs de la rétine.
bacterial permeability-increasing protein l. angl.f.
Protéine anti-microbienne produite par les polynucléaires neutrophiles.
La fixation de cette protéine sur les lipopolysaccharides des bactéries Gram-négatives aboutit à une lyse bactérienne.
Syn. bactericidal/permeability-increasing protein
Édit. 2017
bêta 1-glycoprotéine n.f.
β-1-glycoprotein, pregnancy-specific-glycoprotein
Protéine spécifique de la grossesse, de poids moléculaire de 90 000 comportant 29,3% d'hydrates de carbone, produite essentiellement dans le syncytiotrophoblaste.
Elle est sécrétée précocement dès le 7ème jour après la conception et son dosage serait pour certains auteurs le test de grossesse le plus précoce. Elle augmente ensuite rapidement tout au long de la grossesse jusqu'à des valeurs moyennes à terme de 200 mg/L. Cette glycoprotéine pourrait jouer un rôle immunosuppresseur, interviendrait comme protéine de transport des stéroïdes et aurait un rôle métabolique. En début de grossesse, le taux de β-1-glycoprotéine s'abaisse en cas de menace d'avortement ou de grossesse extra-utérine. En cours de grossesse, sa diminution peut s'observer en cas de retard de croissance intra-utérin.
Édit. 2017
bêta-lactoglobuline n.f.
β-lactoglobulin
Protéine du lactosérum, représentant 55% des protéines de ce milieu.
Malgré son nom, cette protéine, de masse moléculaire de 18,5 kDa chez la femme et dimérique chez les ruminants, a les caractères de solubilité des albumines. Elle fait partie des lipocalicines, capables de fixer le rétinol ou les rétinoïdes, ainsi que les carotènes et les acides gras, dans un calice formé par les feuillets bêta de la chaîne peptidique.
→ lactosérum, lipocalicine, rétinol, rétinoïdes, carotène
Édit. 2017
calcineurine n.f.
calcineurin
Protéine-phosphatase capable de déphosphoryler certaines phosphoprotéines, après activation par les ions calcium du cytosol.
La calcineurine déphosphoryle notamment le facteur de transcription nucléaire des lymphocytes T dont l’activation conduit à la synthèse d’interleukine 2. Elle est inhibée par la cyclosporine et le tacrolimus, immunosuppresseurs utilisés dans la prévention du rejet de greffe après transplantation d’organes.
Le terme de calcineurine exprime la prédominance de cette protéine dans le tissu cérébral et sa dépendance du calcium .Elle agit sur des facteurs de transcription intervenant dans la communication entre neurones et en régule ainsi l’activité. Elle intervient également dans le développement des muscles squelettiques et cardiaques.
Syn. protéine- phosphatase 2B
→ protéine-phosphatase, interleukine 2, cytosol
[C1]
Édit. 2018
calcium calmodulin-dependent serine threonine protein kinase (CASK) l. angl.
Membre de la famille des protéines kinases, activée par la calmoduline ayant fixé du calcium.
La CASK est une protéine membranaire exprimée dans tous les tissus d’origine ectodermique, principalement au niveau des synapses dans le cerveau. Des mutations de cette protéine sont impliquées dans certaines formes de retard mental.
Abrév. CASK
→ protéine kinase, calmoduline
capacité de codage l.f.
coding (capacity of)
Capacité d'une séquence codante à déterminer par sa taille celle de la protéine correspondante.
P. ex., une séquence codante de 1 MDa détermine une protéine de 60 à 70 kDa.
→ brin codant, codage (capacité de)
[Q1]
capacité totale de fixation du fer l.f.
total iron binding capacity (TIBC)
Somme du fer sérique et de la quantité de fer que peut lier la transferrine, protéine porteuse.
La quantité de fer fixable sur sa protéine porteuse dépend de la concentration de cette transferrine qui est synthétisée par le foie.
Sigle CTFF
[C2,F1]
caroténoprotéine n.f.
carotenoprotein
Chromoprotéine non porphyrinique constituée de protéine et de caroténoïdes ou de caroténocérides.
Parmi les caroténoprotéines, on range les pourpres rétiniens, les pigments de la carapace des crustacés, ainsi que l'ovoverdine des œufs du Homard qui est une astaxanthino-protéine.
Syn. caroténoprotéide.
[C3]
cathepsine n.f.
cathepsin
Enzyme protéolytique (endoprotéinase) intracellulaire.
Les cathepsines localisées dans les lysosomes participent à l'hydrolyse des protéines introduites dans la cellule par phagocytose ou pinocytose. On distingue plusieurs types de cathepsines selon leur spécificité et leur pH optimum d'action. Certaines cathepsines sont des sérines-protéinases agissant sur des liaisons d'acides aminés basiques, comme la trypsine. Les cathepsines D, H, L, N, S ont des pH optimums acides et agissent comme la pepsine. La cathepsine A de la rate agit sur des liaisons impliquant des acides aminés hydrophobes. La cathepsine C’est une exoaminodipeptidase clivant le dipeptide de l'extrémité NH2-terminale de la protéine. La cathepsine B1 du foie est une thiol-protéinase. La cathepsine B2 est une métalloprotéinase à zinc. La cathepsine G est une sérine-protéinase présente dans les leucocytes polynucléaires. La cathepsine P est une exocarboxydipeptidase qui clive le dipeptide COOH-terminal de la protéine.
Syn. catheptase
[C1]
CCT/TRIC sigle obsolète
CD sigle pour Cluster of Differentiation
Les lettres CD suivies d’un numéro en chiffres arabes (par exemple CD 44) servent à identifier des protéines de membrane, exprimées à la surface des cellules, présentant des sites antigéniques spécifiques.
Ces protéines ont initialement été utilisées comme marqueurs pour identifier les cellules du système immunitaire et leur état de différenciation . A l’heure actuelle, plus de 300 protéines membranaires sont identifiées par un numéro de CD.
Chacun des marqueurs identifiés porte un numéro : p. ex. le CD4 est présent sur les lymphocytes T4 et constitue le site récepteur du virus VIH ; le CD8 est spécifique des lymphocytes cytotoxiques T8 ; ces protéines sont associées à des TPK (tyrosine-protéine-kinases), comme la TPK p56lck dont elles permettent l'autophosphorylation ; la glycoprotéine CD45 est une protéine-phosphatase capable de déphosphoryler une TPK ; la glycoprotéine CD34 est un antigène caractéristique des cellules endothéliales et hématopoïétiques, etc.
→ TRIC/CCT
[C3]
Édit. 2015
chaperonne n.f.
chaperon
Protéine de forme creuse réalisant un chaperon, ou capuchon, pour couvrir une autre protéine, ce qui évite certaines actions indésirables dans les cellules.
P. ex., la nucléoplasmine découverte dans les noyaux d'oocytes de xénopes protège les nucléosomes.
Les protéines chaperonnes ont pour fonction de catalyser l'acquisition des structures spatiales des protéines soit lors de leur synthèse par les ribosomes, soit au cours de leur transport et leur adressage à travers les membranes des organelles. On distingue des protéines chaperonnes de classe I et des protéines chaperonnes de classe II ou chaperonines. L'activité de ces protéines est souvent dépendante d'autres protéines spécifiques dites cochaperonnes.
Syn. chaperon
[C1]
chromatographie d'affinité l.f.
affinity chromatography
Méthode de purification d'une substance en se servant de son affinité pour une autre substance préalablement immobilisée sur un support solide.
Ce principe peut être appliqué à l’immuno-épuration destinée à extraire du plasma des antigènes à l’aide d’anticorps spécifiques où des immunoglobulines absorbées sur protéine A ou protéine G, ou enfin des anticorps spécifiques absorbés sur l’antigène immobilisé.
[C1,F3]
clathrine n.f.
clathrin
Protéine cellulaire qui se polymérise en formant une structure réticulée qui se
lie aux membranes plasmiques et aux endosomes.
Elle constitue le squelette des mailles formant l'enveloppe des puits mantelés des membranes plasmiques et aussi des vésicules formées sur la face trans de l'appareil de Golgi pour la sécrétion de protéines, telles que celles des lysosomes.
Cette protéine est constituée de chaines lourdes de masse moléculaire 180 kDa, dont la structure spatiale forme un coude, et de chaines légères de masse 35 kDa. Elle a la propriété de former un trimère en s'associant par une même extrémité en une disposition triédrique, chacune des chaines légères étant accolée à la portion proximale de chaque chaine lourde, constituant ainsi un édifice appelé « triskélion ». Les mailles du panier se forment par la juxtaposition de triskélions, grâce à l'intervention d'« adapteurs », 36 triskélions formant 12 pentagones et 8 hexagones d'environ 50 nm de diamètre. Le rôle de ces puits mantelés étant de capter, d'enchasser et d'internaliser des macromolécules exogènes telles que les β-lipoprotéines, la clathrine doit son nom à cette propriété d'enserrer des molécules comme dans des clathrates.
Étym. lat. clatra : barreaux d'une grille ; gr. kleithron : grillage
→ Golgi (appareil de), endosome, lysosome, acanthosome, endocytose, endosome, pinocytose
[C1, C3]
Édit. 2019
coenzyme n.m.
coenzyme
Petite molécule d'origine biologique associée à une protéine enzymatique, appelée apoenzyme, nécessaire à son activité.
De nombreux coenzymes sont aisément dissociables des protéines enzymatiques, p. ex. par dialyse. Ils agissent en se combinant au substrat ou à un radical du substrat pour le rendre actif, c'est-à-dire susceptible d'être attaqué par l'enzyme : ainsi le nicotinamide-adénine-dinucléotide (NAD), qui a été le premier coenzyme découvert, est un transporteur d'hydrogène, coenzyme de déshydrogénases et appelé codéshydrogénase ; le coenzyme A est un transporteur d'acyle et joue le rôle de coacylase ou de coacétylase, mais aussi de coenzyme indispensable pour les acylcoenzyme A-déshydrogénases et les enzymes de la -oxydation. Certains coenzymes sont liés par covalence à la protéine enzymatique : c'est le cas de la biotine des transcarboxylases, du flavine-adénine-dinucléotide de la succinodéshydrogénase. Certains éléments métalliques ont été considérés comme des coenzymes : le cuivre pour de nombreuses oxydases, le manganèse, le zinc pour d'autres enzymes, etc., mais leur rôle peut être plus complexe comme activateur ou comme ligand, et non comme coenzyme proprement dit.
[C1]
collection de phages d'expression l.f.
phage display library.
Méthode utilisée pour la production de mini-anticorps (ScFv) par introduction de régions codantes VH et VL associées par une séquence de liaison dans des phages.
Le fragment Fv est exprimé sous forme d'une protéine de fusion associée à une protéine du phage. Ceci permet une sélection par l'antigène.
[F3]